Azərbaycanın görkəmli ruhani alimlərindən olan Seyyid Məhəmməd Seyyid Mir Cabbar oğlu 1868-ci ildə Bakının Maştağa kəndində dünyaya gəlmişdir. Soyadı Mustafayev imiş.
Seyyid Məhəmməd ibtidai təhsilini vətənində alır. Sonra Aşqabad yolu ilə Məşhədə gedib orada təhsilini davam etdirir. Bundan sonra İsfahanda İslam elmləri ilə daha dərin tanışlıq əldə edir. Lakin elmə olan həvəsi onu qazandığı uğurlarla kifayətlənməməyə çağırırdı.
Seyyid Məhəmməd şiə elm dünyasının paytaxtı sayılan Nəcəfi-əşrəfə yola düşür. Bu müqəddəs şəhərdə o, Axund Xorasani, Seyyid Yəzdi (sahibi-Ürvə), Şeyxüş-şəriə İsfahani, Seyyid Əbülhəsən İsfahani kimi böyük müctəhidlərin dərslərinə qatılır. Onun Nəcəfdəki müəllimlərindən biri də böyül fəlsəfə alimi, Əllamə Təbatəbainin və Seyyid Xoyinin ustadı Seyyid Hüseyn Badkubeyi idi.
Milli.Az islam.az-a istinadən bildirir ki, bu sətirlərin müəllifinin ulu babası maştağalı Şeyx Hüseyn də həmin dövrdə Nəcəfdə mükəmməl dini təhsil almışdı.
O zamanlar Nəcəf elmi mühitində müctəhid kimi tanınmağa başlamış və risalə nəşr etdirmiş, amma əcəl imkan vermədiyi üçün mərceyi-təqlid kimi tanınmağa fürsət tapmamış salyanlı Ayətullah Mühəmməd İbrahim Salyaninin ulu babam Şeyx Hüseynə bir neçə məktubu şəxsi arximizdə mövcuddur. Bu məktublar Nəcəfdə yaşayan Salyani tərəfindən təhsilini başa vurub Bakıya qayıtmış Şeyx Hüseynə ünvanlanıb. Məktubların birində Salyani Nəcəfdə təhsilini bitirib vətənə qayıtmış bir neçə dostuna, o cümlədən, "cənab Seyyid Məhəmməd Ağa Mir Cabbar oğlu"na salam söyləməyi Şeyx Hüseyndən xahiş edir. Məktubun 1921-ci ildə yazıldığını nəzərə alaraq deyə bilərik ki, bu zaman Seyyid Məhəmməd artıq Bakıya qayıtmışdı.
Seyyid Məhəmməd Nəcəfdə mükəmməl dini təhsil aldıqdan sonra Bakıya dönür və öz vətənində İslami dəyərlərin təbliği ilə məşğul olur. O, Bakıda dini mədrəsə təsis edir və xeyli dəyərli tələbə yetişdirir. Müasirləri bu mədrəsəni yüksək qiymətləndirir, hətta "hovzə" (dini akademiya) adlandırırdılar.
1936-cı ildə Seyyid Məhəmməd Badkubeyi sovet hökuməti tərəfindən ruhanilik ittihamı ilə məhkum edilir və 15 il müddətinə Sibirə sürgünə göndərilir.
O, məhbuslarla birlikdə kanal qazımalı idi. Seyyid Məhəmməd məhbuslar arasında böyük nüfuz qazanmışdı. Onu işləməyə qoymur, onun işini özləri görürdülər. Alim xatırlayırdı ki, hər məhbus onun əvəzinə bir neçə bel vurub deyirdi: "Bu da axund ağanın əvəzinə".
Nümunəvi davranışına görə Seyyid Məhəmmədin sürgün müddəti azaldılır və 5 ildən sonra azad edilir. Bundan sonra bir daha, bu dəfə "Müsavat"la əlaqədə itiham olunur, 9 ay NKVD-nin zirzəmisində saxlanıldıqdan sonra buraxılır.
Seyyid Məhəmməd sovet hakimiyyəti altında sərbəst yaşaya bilməyəcəyini və sağ qalmayacağını başa düşür, buna görə də gizlicə Azərbaycanı tərk edib İrana keçir. O, Ərdəbildə məskunlaşır. Bu şəhərdə qaldığı iki il müddətində Seyyid Məhəmməd xalq içində çox məşhurlaşır. O, Ərdəbilin Sərçeşmə məscidində moizə edir, camaat namazı qıldırırdı. Deyirlər ki, Seyyidin moizələri və namazları çox izdihamlı keçirmiş. Hətta uşaqlar gündüz vaxtı məscidə gedib, orda yer tutur, axşam bu yerləri böyüklərə pulla satırmışlar.
İranın şah hökuməti Seyyid Məhəmmədin nüfuzundan və monarxiyaya qarşı çıxışlarından narahat olub onu Təbrizə sürgün edir.
Onun dərin biliyi, geniş dünyagörüşü vardı. Üstəlik, şirin danışığı və ifadəli bəyanı ona öz fikrini daha gözəl çatdırmaq imkanı verirdi. Bakı ləhcəsinə uyğun olaraq, "nə üçün" sözünü "nöşün" şəklində tələffüz edirdi. Bu üzdən ona "nöşün ağa" ləqəbi ilə müraciət edirdilər.
Seyyid Məhəmməd ölkənin ictimai-siyasi həyatında da özünəməxsus rola malik idi, baş verən proseslərə vaxtında reaksiya göstərirdi. O, İran İnqilabının hazırlıq mərhələsində yaxından iştirak etmişdi. 6 günlük ərəb-İsrail müharibəsini (1967) şiddətlə qınayan Badkubeyi bu müharibədə zərər çəkmiş fələstinlilərə yardım kampaniyası elan etmiş, Təbrizin nüfuzlu alimləri ilə birlikdə bu barədə xalqa müraciət imzalamışdı. Seyyid Məhəmməd Badkubeyi mərhum Ayətullahül-üzma Seyyid Məhəmməd Kazim Təbatəbai Yəzdinin "əl-Ürvətül-vüsqa" risaləsinə və Şeyx Nəsirəddin Tusinin "Təcridül-etiqad" kitabına haşiyə (şərh) yazmışdı, amma bunlar çap olunmayıb.
Alimin nadir əlyazma və çap kitablarından ibarət zəngin kitabxanası da var imiş; öz vəsiyyətinə əsasən həmin kitabları Nəcəfi Mərəşi ağanın kitabxanasına hədiyyə verdilər.
Seyyid Məhəmməd Badkubeyi 1969-cu il avqustun 22-də 101 yaşında Təbrizdə vəfat etmiş və həmin şəhərdə torpağa tapşırılmışdır.
Milli.Az